El colegio fue fundado el 29 de Junio de 1961 por la Hermana Mariana de Jesús Murillo en compañía de tres hermanas de la Congregación Santa Mariana de Jesús, en un terreno que se adquirió en el sector de Pueblo Nuevo, parte alta, construyéndose una sencilla vivienda; surge con ello, la idea de cristalizar una de las tareas más significativas del Carisma Institucional, con la creación de un pequeño pero acogedor Hogar para las niñas huérfanas y carentes de recursos. Comienza con 12 niñas, atendidas por las religiosas fundadoras.
Una vez iniciada esta obra carismática-asistencial, se impone la necesidad de una escuela para la formación de estas niñas; al efecto se solicita el apoyo del Gobierno Regional por intermedio de la Dirección de Educación, de quien se obtiene una respuesta positiva con la creación de una Escuela Estatal. La Escuela inicial fue abriendo sus puertas a estudiantes externos residentes en el Sector, hasta transformarse en el Centro Educativo Católico mixto que en la actualidad atiende una población escolar de 807 estudiantes, desde el 1erGrado del Nivel de Primaria, hasta el 5to Año del Nivel Media General.
La institución lleva el nombre de la Beata Mercedes de Jesús Molina y Ayala, quien nació el 20 de Febrero de 1828 en Baba, población perteneciente en esa época a la provincia de Guayaquil (hoy provincia de Los Ríos) de La República del Ecuador. Mercedes se entregó por entero a Dios y emitió votos de virginidad perpetua tomando el camino del sacrificio, la bondad, la oración y la meditación. Sucedió entonces que estando en oración contemplativa, siguiendo los pasos de Santa Mariana de Jesús a quien imitaba en su amor a Dios, éste le manifestó, a través de un rosal florido, que fundaría un instituto religioso.
La finalidad de esta Institución es la de ofrecer una formación integral Cristiana a la niñez y juventud que acude a este plantel, se aplica la pedagogía del Evangelio que es amor, bondad, comprensión, que facilite la apertura, la comunicación y la confianza, elementos indispensables para el logro de la madurez humana. Según el carisma Institucional, vivido y encarnado en Mercedes de Jesús, Fundadora y Madre del Instituto se prepara a los niños y jóvenes en la Ciencia, en la Virtud y en el Trabajo, con una gran sensibilidad por el dolor humano y profundo sentido de justicia, igualdad y solidaridad.
